「洛克人Ｘ６」的故事設定在「洛克人Ｘ５」之後，在艾克斯（Ｘ）與傑洛（Zero）的聯手下，成功的阻止西格瑪軍團企圖利用殖民衛星衝撞地球的毀滅危機，不過傑洛也因此受到嚴重損傷。但是事情並沒有這樣就結束，一種神秘的電腦病毒「ZERO」肆虐，導致地球上的機器人集體發狂攻擊人類，而這一切似乎與艾薩克（Issac）博士進行的「夢魔計畫」(Nightmare)有關...。為了阻止艾薩克博士的瘋狂計畫，與探查「夢魔」的真相為何，艾克斯再度展開了「洛克人Ｘ６」任務行動。